1963年到University of Missouri土木系研究所進修。出國留學時,父親經營生意已失敗,所以是借錢出去留學。在9月入學之前,他在1月就離開台灣到美國,先到舊金山想打工先賺點學費,到China Town找洗碗工被拒,理由是沒洗碗經驗。後來坐了3天2夜的長途Gray Hound Bus,打算去紐約打工,途經Reno時去賭場玩slot machine,贏了一堆nickle,算一算大約贏了十多美元,當時一美元對40元台弊,台灣是農業社會、尚待開發的地方,十多美元對林明哲來說是一筆不算少的錢。
到紐約後,經朋友的介紹在一家位於Columbia大學附近的私人公司工作。後來經過紐約市政府就業攷試及格,紐約市政府要聘用他,這可能與在台北市省水利局工作的經驗有關,但因離入學的日期已近,沒去就業。1963年9月他坐長途bus到University of Missouri的土木系研究所就讀。1967年獲得土木碩士學位,到芝加哥的Pioneer工程顧問公司就業。