人類最初是過著打獵聚居（Hunter－Gatherers）的生活。在六萬多年前，有些離開人類起源地的非洲，循著Levartine Corridor（在巴勒斯坦／以色列地區）進入歐亞大陸（Eurasia），順著海岸或近水地區（河、湖等），移向東南，在六萬年前就已到達今天的澳洲、新幾內亞，和Melanesia的部分島嶼。在六萬年前到四萬年前之間，進入歐亞大陸後的人類移動情形，學者推測有幾種動向：第一批折向東南方，分支到今日的印度和印度支那半島（印支），甚至到部分南洋群島和菲律賓，台灣也至少在4萬年前已有殖民；第二批則經過中東、阿爾泰草原、西藏，繼續擴散到支那中原和其餘支那大陸各地，第三批北入西伯利亞，繼續往東，渡過當時還陸連著的 Beringia（現在有Berginia Strait隔開），進入美洲新大陸，便是印地安人的祖先。這裡特別指出的便是在外蒙古北方、西伯利亞內的貝加大內陸湖（Baykal Lake）。初到西伯利亞的人，在貝加湖的周圍屯駐了很長的一段時間，其中東岸一部落的族人可能是追逐大象和其他獵物進入了美洲，學者以男性性染色體上一小段DNA的分析，鑑定了印地安人的男祖是來自這部落的一個家族。

同一個入西伯利亞的族群先向北移而後轉西，便是今日北歐人的祖先。早期進入西歐的，可能沿著地中海岸移動，終於佔據了大部分的歐洲。後來又有殖民從 Caspian Sea北方（或更北）西移，再殖民歐洲，這批即成為今日的歐洲人。最近根據 mitochondria (粒線體)DNA(mt-DNA) 的研究，顯示雖然表面上第二批移民完全取代第一批歐洲先往民，其實血緣遺傳質的研究結果顯示，新入住民只佔20－25%的遺傳質成分，其餘的絕大部分仍然屬於先住民的。有人大言不慚，說是漢人取代所有支那人，甚至說台灣人也大部分為漢人取代，成為”台灣漢人”（也就是台灣人是漢人的直系後裔），可惜這是沒有可靠的科學証據的。

台灣在最近－萬多年的孤立期間，造就了自己特有的文化，並基於其海洋環境，經海路南向傳播台灣的文化，這是有科學根據的。其中從語言彙集的資料，受到最早、最廣泛的注意。南島語系（Austronesian Languages）曾是世界最大的語系，共有1200種之多。其分佈北自台灣，南至紐西蘭（New Zealand），西自非洲東邊的馬達加斯加（Madagascar），東至南美西緣的復活島（Easter Island）。東西之距超越地球的半圈，所及地區也遠遠超過蒙古成吉斯汗（Genghis Kan）最盛時期所佔的面積。這1200語系種類源自10種古南島語(Proto-Austronesian Languages)，其中分佈在台灣的26種南島語類即是屬於其中的9種古南島語系。分佈在台灣島外的其餘1174種，則源於僅剩的一個古南島語。這種情形正符合人類學的一大原則，顯示古南島語起源於台灣。 Peter Bellwood, Robert Blust 和 Jared Diamond 等南島語言著名的世界權威專家都同意，部分南島語在6000年前到5000年前之間由台灣經菲律賓、婆羅州，往南、東、和西散播，就在約2000年至3000年之期間內擴散到上述廣大區域（澳洲、新幾內亞高山，和部分黑島群是例外）。因其散佈速度之快，Diamond稱此現象為快車散佈（Express Train Model）。伴隨著語言傳遞的是航海、農業、畜牧，瓷器等技術的散佈，在人類發展史上綻放了光彩的一頁。因此，兩年之前，著名的生理學專家Diamond（長期擔任美國科學院院士，人類學上的著作甚多），便以”Taiwan’s Gift to the World”〈台灣給予世界的禮物〉一文，發表在科學界最受尊重的雜誌之一，同時也是科學界最大銷路的雜誌”Nature”（自然科學，Vol. 403, 709, 2000 ），稱讚起源於台灣的南島語對世界語言文明的貢獻。這是所有台灣人應該要知道，也應引以自傲的。

學者咸認為，南島語族和廣佈泰寮等印支半島（不能與支那南方混談）的Tai-Ka-Dai語族系出同源（Common Ancestry）。並將之共同歸納在Proto-Austro-Tai Super Family（上科）。這個上科和藏支語族（Sinic-Tibet）也是遠源同宗。 藏支語族後來演化成為今日的支那語族〈Sinic Languages〉。Bellwood承認在支那南方不見南島語的蹤跡，又鑑于歷史上許多邊緣或劣勢語言，因受優勢語族的侵蝕，終至絕跡的例子甚多，推斷可能一度存在支那南方的南島語，也遭同樣命運，因此提議南島語起源支那南方之說。 Blust認為這個可能性不能說?對沒有，但是可信度並不高。就南島語驚人的數量和分佈之廣，該語族應當是正值旺盛，並非強弩之末。僅在台灣一地便有9個古南島語，26種南島語，沒有其他地方有如此豐富的變異分化，也暗示著語族起源的特徵。反之若南島語族起源於支那南方，也應該有類似於台灣的情形──意即會有繁多的語種與祖源古語種。但是在支那南方，不僅沒有這種地區，沒有發現一點南島語的蛛絲馬跡，也沒有南島語由支那向東擴張的跡象。以澎湖為例，其地理位置在台灣與支那大陸之間，但是澎湖卻從未發現南島語的蹤跡。在台灣的古南島語和南島語，其分佈是自東向西，根本和假設起源於支那南方再移向台灣的西東向是相反的。Blust又指出6千至5千年前，全世界人類，包括支那先民，斷不會有渡海技術與能耐，又怎麼可能橫渡90浬（將近102哩）的台灣海峽去傳播南島語？此外，我認為支那福建、廣東省高山深谷多不勝數，步行艱難，也具有形成袋狀隔離的最好地理環境。支那人也因此常以方言複雜眾多自傲。這種袋狀隔離，也正是保存邊緣、劣勢語言的最佳環境。在此等條件之下，為何光是南島語不見蛛絲馬跡實是令人費解，也十分不合常理。因此Blust和Diamond所主張的南島語起源於台灣才是合理的結論。

1989年松本秀雄 Immunoglobulin 的遺傳研究，林瑪利醫師最近HLA遺傳研究，以及更多其他的報告，都說明台灣人和支那北漢族是不同的。林等更指出台灣福佬和客家合成的「台灣漢人」（指1945年蔣介石所率領純種支那漢人佔領台灣之前，便已居住台灣的講福佬或客家話的台灣舊住民）遺傳質上確屬同源，無法分別。兩者之分只是語言及習慣等可以經由後天習得的特質，也是僅止於表面上的皮毛分別而已。反之，「台灣漢人」和支那北漢人則明顯屬不同源。但是支那福客兩族，雖然皆起源於黃河流域的支那中原一帶〈亦即北漢起源地中心〉，據說兩族非但不同源且隔居不同地區。福佬為多數族，聚居於平原；客族則散居於邊緣丘陵山區，兩族之間的交往和通婚向來並不頻繁〈註：高木桂藏：客家：中國內的異邦人，講談社現代新書，1991〉。如此經過兩、三千年的區隔，兩族群的遺傳特質會有分化，乃是生物進化學上常見的現象。正如多數學者所主張，支那福客兩族分屬不同遺傳族群，這是不難想像的。只是，支那福客既屬不同族群，為何台灣福客卻具有共同的遺傳特質？

林等結論「台灣漢人」與越南原住民的血緣最接近。松本雖然將台灣原住民列入南漢族群，此一分類法係將支那「國」所有族群均歸納於「蒙古族」總稱之下的結果，而非基於族群特性。其實東南亞族群種類之多，早為學者所共認。這是包括了很多不同族群所形成的「雜亂族群的聚集」（a bag of mixed balls）而已，研究者自不能將此隨便混為一談。台灣福客同族有其更深的意義：自1683年鄭成功之孫投降滿清，到1895年日清甲午之戰滿清戰敗，並割讓台灣給日本，據說在此212年內，支那漢人(即福客兩族)以排山倒海之勢移民台灣，並取代所有居住於平原的台灣原住民，成為今日「台灣漢人」。但是移民族源本就有疑問，千人、萬人或可用「排山倒海」來形容，然而千萬之數對於族群遺傳特質的改變而言仍是杯水車薪，差之千里。即使根據支那的歷史文獻記載，又有誰能夠舉出「相近」的數目？且族群的全部取代〈Total Replacement〉非同小可，並非短短的兩、三百年可以達成，其理由將在下文討論。

根據從母性遺傳的mt DNA上的一小段Linkage的研究，發現了最早的特徵是「9-bp刪除」(9-bp deletion)的突變，此一特徵遍佈東南亞，也包括支那南方。因其分佈之廣，且具普遍的高頻率特徵，學者認為這突變應起源於東南亞。從這突變之後，有依次連續發生的突變(Biallelic核酸分子突變的集積系統)，學者特別將之稱為“Polynesian motif”。其特徵變化如下：最先的變化是由TAC變為CAC的TaC的變化，〈A=adenine,，C=cytosine，G=guanine, T=thymine,代表四種核酸分子〉次由CAC成為CAT(CaT)，而最後的變化是由CAT變成CGT(AaG)。在這連鎖的變化中，CAT在台灣的出現頻率很高，至少為菲律賓或婆羅洲的兩倍。而菲律賓與婆羅洲的頻率相近，但在更南的印尼其出現頻率則極低或幾近於無。在Polynesia則沒有CAT，但是百分之百為CGT所取代。照理說，由北向南，具有CAT的台灣原住民與新入地原住民融合後，其CAT出現的頻率是會降低的。可見核酸分子排列的變化和語言散佈的方向平行發生，與其他農畜，航業的發展，和古蹟跡象也有平行發生的證據。其中尤以南洋群島語言中之「米」不用漢字「米」之發音，卻與南島語中「米」同音，為南島語傳入南洋群島最為顯著之證據。L.L. Cavelli-Sforza 和R. Cavelli-Sforze 於1995年所著”The Great Human Diasporas”一書記述稻米起源地有二，其一在上海一帶，其二則在台灣，雖然在南洋的稻業並不興盛。稻米起源于台灣大概是不會錯的。

與mt DNA相對的男性性染色體(Y-Chromosome)純屬男性遺傳。從部分Biallelic Haplotypes來看，台灣原住民和支那北漢族在血緣上是沒有關係的，和支那南漢的關係也相當遠，卻與海南島的黎(Li)族幾乎完全相同。柬埔塞(Cambodia)的Haplotypes種類最多(比次多的支那南漢多一種)，與南北漢也有明顯的不同，北泰的Haplotypes種類較少，卻與柬族非常相近而與南漢大不相同。總括來說，台灣原住民和海南黎(Li)族與柬、泰族有絕對的近緣性。因此，殖民台灣的原住民，自歐亞大陸移動的過程可能是從印支半島近中部，經過分佈東南亞沿海的越南，進入台灣和海南島。由這Haplotyps的一致性來看，有可能在冰河盛期台灣與海南曾經陸連過，而獵聚先民則沿著海岸經由陸路由海南移居台灣。更需要知道的是海南島今日雖屬支那，其地理位置是在今日越南的中部稍偏北的緯度，與北泰、柬國的緯度相近，由北泰寮向東（語言的相似性）或經柬國到海岸，順著獵聚先民喜歡採用的沿海移動，都很容易到達海南島和台灣。而從與台灣同緯度的支那南方地區到台灣的路勢則十分險要，步行不易，更缺乏由東向西遷移所留下的遺物、遺跡等證據。反之，台灣與越南原住民則顯示了相當親近的血緣關係。

總之，DNA漸次變異的方向所得的證據，語言的淵源關係，都代表台灣原住民昔日在歐亞大陸的移動。其經由支那國內到台灣的可能性幾近於零。反之，經過印支半島中部或南部一帶由西向東或由南向北移動的可能性最大。林等HLA的研究顯示今日「台灣漢人」與古越南原住民的血緣最近，此一結論與由上述先民的移動路徑正好不謀而合。林等的資料又顯示「台灣漢人」與平地原住民Pazeh〈可能是屬於邵族的平原住民〉的HLA遺傳質十分相近，幾至不能分別。Neighbor Joining Tree也顯示了兩者的近似性，顯然所有這些資料都佐證了台灣原住民和「台灣漢人」其實完全相同，兩者之間只是後天習得的語言與生活習性的不同， 以及因久居不同地理環境所導致的變異而已。台灣原住民和「台灣漢人」係出同源，也應該合稱為「南島語族福摩沙人」（Austronesian Formosans）。而福摩沙人的祖先，對人類進化史上也曾經有非凡的貢獻。做為南島語族福摩沙人，有那一點不值得驕傲的？